לסנביות מולקולריות מסוג Y יש מבנה משושה ארוז קרוב הדומה ליהלום. אם כלוב הבטא משמש כיחידה המבנית להחלפת צמתי אטום הפחמן של היהלום, ושני כלובי הבטא הסמוכים קשורים לכלובי עמודים משושים, כלומר, חמשת כלובי הבטא קשורים יחד עם ארבעה כלובי עמודים משושים, שבה מבנה נוצר. על ידי המשך להתחבר למבנה זה, מתקבל מבנה המסננת המולקולרית מסוג Y. במבנה זה, הכלוב הגדול שנוצר על ידי כלוב ה- β והכלוב העמוד המשושה הוא כלוב זאוליט שמונה צדדי, וחורי החלונות המקושרים שלהם הם שתים עשרה טבעות בינאריות, שגודל הנקבוביות האפקטיבי הממוצע שלו הוא 0.74 ננומטר, שהוא גודל הנקבוביות של מסננת מולקולרית מסוג Y. מבנה המסננת המולקולרית מסוג X וסוג y מבנה המסננת המולקולרית זהה לחלוטין, אך יחס מסננת מולקולרית מסוג Y יחס אלומיניום סיליקה הוא גבוה, היציבות ההידרותרמית היא חזקה, ולכן הוא נמצא בשימוש נרחב יותר.
